Na području Parka prirode „Begečka jama“, do sada je evidentirano 125 vrsta viših biljaka.
U grupi nacionalno i međunarodno značajnih vrsta, zabeleženo je devet vrsta, od kojih su dve strogo zaštićene, beli lokvanj i plivajuća resina, a dve se nalaze na Crvenoj listi flore Srbije, crni glog i dremovac. U kategoriji zaštićenih vrsta nalaze se iđirot, šiljata oštrica, crni glog, igličasta zukva, dremovac i vodeni orašak.
Autohtonu šumsku zajednicu čini zajednica bademaste vrbe, kao jedna od retkih zajednica u kojoj drvenaste invazivne vrte nisu prisutne. Zabeležena je na Šašićevoj adi i Erkinom ostrvu, između Dunava i pojasa šuma bele vrbe. Na području Begečke jame zastupljene su zajednice bele vrbe, bele toplole sa crnim glogom, kao i manje površine zajednice bele vrbe i crne topole.
II 1.7.4 Tipovi staništa
U grupi stanišnih tipova, kao prioritetni za zaštitu na teritoriji Parka prirode „Begečka jama“ je zabeleženo 17 tipova staništa.
U prioritetna NATURA 2000 (međunarodno značajna) staništa se ubrajaju šume bele vrbe i šume bele i crne topole. U selektivnim EMERALD staništima se nalazi 7 stanišnih tipova.
U grupi fragilnih, usled funkcionalne nepostojanosti i osetljivosti na degradaciju se nalazi 8 stanišnih tipova, tj. 2 u grupi retkih u Srbiji i fragilnih. Na prostoru prirodnog dobra su zbog eksploatacije najugroženije šume i ostaci šuma bele vrbe, bele i crne topole.
Područje Begečke jame je reprezentativno stanište značajnog broja autohtonih vrsta faune, strogo zaštićenih i zaštićenih vrsta, karakterističnih za nizijska plavna područja.
Pruža povoljne uslove za očuvanje biodiverziteta entomofaune, odnosno, zahvaljujući direktnoj vezi sa rekom Dunav, pogodno je za razvoj vodenih insekata. Entomološkim istraživanjima na ovom prostoru, registrovano je prisustvo riličara, vilinskih konjica, komaraca, leptira, tvrdokrilaca i kamenih cvetova. Prema Pravilniku o proglašenju i zaštiti strogo zaštićenih i zaštićenih divljih vrsta biljaka, životinja i gljiva („Sl. glasnik RS“ 5/10), detektovane su dve zaštićene vrste insekata iz reda vilinskih konjica.
Za potrebe stavljanja pod zaštitu „Begečke jame“, valorizacije prirodnih vrednosti ovog područja, izvršena su ihtiološka istraživanja u periodu od 1996-1997. god. Zaštićeno područje je direktno povezano sa rekom Dunavom, tako da je i sastav ihtiofaune u korelaciji sa vrstama riba koje žive u Dunavu. Faunu riba, čini 27 vrsta, od kojih status zaštićenih vrsta imaju štuka, šaran, som, bucov, deverika, krupatica i grgeč.
Na ovom području je zabeleženo 11 vrsta vodozemaca i 6 vrsta iz klase gmizavaca. Najznačajnije predstavnike vodozemaca čine mrmoljci, kao i predstavnici grupe zelenih žaba, a od gmizavaca značajno mesto zauzima ugrožena barska kornjača. Vodozemci i gmizavci predstavljaju hranidbenu bazu za mnoge vrste strogo zaštićenih vrsta ptica, a takođe predstavljaju i značajne regulatore brojnosti faune beskičmenjaka, naročito insekata.
Ornitofaunu Begečke jame sa Dunavom i adama, predstavlja oko 150 vrsta ptica, od kojih gnezdarice čine oko 70 vrsta. Od strogo zaštićenih vrsta ovog područja, izdvajaju se patka njorka, ćubasti gnjurac, mali gnjurac, belorepan, mali vranac, vivak, barska šljuka, vodomar i velika bela čaplja, a od zaštićenih vrsta, riđoglava plovka, grogotovac i labud grbac.
Zahvaljujući sastavu i rasporedu šumske vegetacije, fauna sisara ovog područja zastupljena je sa značajnim brojem vrsta. Močvarna vegetacija predstavlja stanište nekim vrstama glodara poput vodene voluharice. Među bubojedima prisutni su krtica i jež, a iz reda zveri, jazavac, tvor i lasica. Porodica pasa zastupljena je sa dve vrste, lisicom i šakalom. Od velikog je značaja i prisustvo vidre, strogo zaštićene vrste, koja se nalazi na spisku za Crvenu knjigu kičmenjaka Srbije i na Evropskoj i na Svetskoj Crvenoj listi.
Vodni režim, kao i prirodna izmena vode putem stalnog plavljenja predstavlja osnovni ekološki faktor opstanka živog sveta u zaštićenom području. Zbog toga je glavni ugrožavajući faktor biljnog i životinjskog sveta PP „Begečka jama“ izmenjen režim plavnih i podzemnih voda.
Čovek menja režim i nivo podzemnih voda kroz vodoprivredne radove, upuštanje otpadnih voda, isušivanje i odvodnjavanje.
Zbog svih tih promena koje se dešavaju u prostoru zaštićenog područja došlo je do gubitka funkcije prostora i gubitka prirodnih vrednosti. Uprkos tome, opstao je veliki broj biljnih i životinjskih vrsta.
Kako se nije radilo na redovnom održavanju, došlo je do delimičnog zasipanja kanala Begej preko kod se Jama snadbeva vodom iz Dunava, a takođe i mrtvaja koje su nekada predstavljale vezu sa Dunavom.
Na kanalu Begej podignuta je ustava kojom se upravlja suprotno potrebama zaštite pa tako zaštićeno područje trpi veliku štetu. Neplanska otvaranja i zatvaranja ustave idu na korist šumarstvu, koji za cilj ima smanjenje nivoa vode u Jami, kako bi se dobilo što više suvih površina za potrebe podizanja plantažnih zasada. Zbog usporenog oticanja vode nataložena je velika količina organskog sedimenta.
Poremećaji u hidrologiji (izmene u režimu plavljenja, povećanje oscilacija vodostaja Dunava na nivou njegovog sliva i zasipanje dunavaca) predstavljaju ključne faktore koji narušavaju stabilnost ritskih šuma.
Osim ugrožavajućih faktora u hidrologiji, na PP „Begečka jama“ veliki ugrožavajući uticaj imaju i zasipanje, zamuljivanje i zarastanje, intenzivno šumarstvo, invazivne vrste, uništavanje i gubitak staništa, fragmentacija staništa, krivolov, urbanizacija, posetioci kao i odlaganje čvrstog otpada.
OSNOVNI UGROŽAVAJUĆI FAKTORI
Osim ugrožavajućih faktora u hidrologiji, na prostoru PP „Begečka jama“ veliki ugrožavajući uticaj imaju i zasipanje, zamuljivanje i zarastanje, intenzivno šumarstvo, invazivne vrste, uništavanje i gubitak staništa, fragmentacija staništa, krivolov, urbanizacija, posetioci kao i odlaganje čvrstog otpada.
Tabela 1. UGROŽAVAJUĆI FAKTORI I UTICAJI UNUTAR PP „BEGEČKA JAMA“
| UTICAJ AKTIVNOSTI | |
| Gazdovanje šumama | A | 3 |
| Pošumljavanje | A | 3 |
| Invazivne vrste | A | 3 |
| Veštačka sadnja | A | 3 |
| Nasipi, utvrđenja, veštačke plaže, opšte | A | 2 |
| Plavljenje | A | 1 |
| Poplava | A | 1 |
| Isušivanje, akumulacija organskih materija | A | 3 |
| Isušivanje | A | 3 |
| Korišćenje pesticida | B | 3 |
| Kanali | B | 3 |
| Lov/uklanjanje faune, opšte | B | 3 |
| Spaljivanje | B | 3 |
| Prikupljanje (insekata, reptila, vodozemaca) | C | 3 |
| Hvatanje u zamku, trovanje, krivolov | B | 3 |
| Ostale mreže za komunikaciju | C | 3 |
| Vozila na motorni pogon | C | 3 |
| Zagađenje | A | 3 |
| Zagađenje vode | A | 3 |
| Ostala zagađenja ili posledice čovekovog uticaja na okolinu | B | 3 |
| Ravnanje terena, privođenje zemljišta kulturi i isušivanje,opšte | B | 3 |
| Isušivanje zemljišta od rukavaca i močvara | A | 3 |
| Modifikovanje unutrašnjih vodotokova | A | 3 |
| Upravljanje nivoom voda | A | 3 |
| Erozija | C | 3 |
| Oštećenja zbog divljih vrsta | C | 3 |
| Ostali tipovi naselja | C | 3 |
| Ostale slobodne aktivnosti i uticaj turističkih aktivnosti koje nisu gore navedene | C | 2 |
| Šetnja, jahanje i vožnja vozilima bez motornog pogona | C | 1 |
| Raskrčivanje šuma | A | 3 |
| Uklanjanje sasušenog i odumirujućeg drveća | C | 1 |
| Staze, putanje, biciklističke staze | C | 1 |
| Intenzitet uticaja | Uticaj |
| A-visok | 1-pozitivan |
| B-srednji | 2-neutralan |
| C-nizak | 3-negativan |
Tabela 2. UGROŽAVAJUĆI FAKTORI I UTICAJI IZVAN PP „BEGEČKA JAMA“
| UTICAJ AKTIVNOSTI |
| Kultivacija | A | 3 |
| Veštačka sadnja | A | 3 |
| Urbana područja, naseobine | A | 3 |
| Kontinuirana urbanizacija | a | 3 |
| Komunikacione mreže | B | 3 |
| Putevi, autoputevi | C | 3 |
| Vozila na motorni pogon | B | 3 |
| Zagađenje | A | 3 |
| Zagađenje vode | A | 3 |
| Zagađenje vazduha | A | 3 |
| Isušivanje | A | 3 |
| Nasipi, utvrđenja, veštačke plaže, opšte | C | 2 |
| Privredni ribolov | A | 3 |
| Prenos energije | A | 2 |
| Električni vodovi | A | 2 |
| Kanali | A | 3 |
| Zvučne smetnje | B | 3 |
| Ravnanje terena, privođenje zemljišta kulturi i isušivanje opšte | B | 3 |
| Isušivanje zemljišta od mora, rukavaca i močvara | B | 3 |
| Korišćenje pesticida | B | 3 |
| Hvatanje u zamku, trovanje, krivolov | B | 3 |
| Industrijska ili komercijalna područja | B | 3 |
| Industrijsko skladište | B | 3 |
| Hidrografsko modifikovanje, opšte | B | 3 |
| Ostali vidovi transporta i komunikacije | B | 2 |
| Poljoprivredni i šumarski poslovi koji nisu gore navedeni | B | 2 |
| Ostali tipovi naselja | B | 2 |
| Drenaža | B | 2 |
| Lovstvo | B | 1 |
| Gazdovanje šumama | C | 3 |
| Pošumljavanje | C | 3 |
| Spaljivanje | C | 3 |
| Ostale deponije | A | 3 |
| Invazija vrsta | C | 3 |
| Konkurentnost | C | 3 |
| Lov/uklanjanje faune, opšte | C | 2 |
| Prikupljanje (insekata, reptila, vodozemaca) | C | 2 |
| Sportski ribolov | C | 2 |
| Staze, putanje, biciklističke staze | C | 2 |
| Ostali sportovi i slobodne aktivnosti na prostoru | C | 2 |
| Zagađenja zemljišta | A | 2 |
| Ostala zagađenja ili posledice čovekovog uticaja na okolinu | A | 3 |
| Intenzitet uticaja | Uticaj |
| A-visok | 1-pozitivan |
| B-srednji | 2-neutralan |
| C-nizak | 3-negativan |